現在采用水冷原理的機房專用空調已經得到了更為廣泛的應用，通過水冷的方式，可以進一步提高熱交換的效率，同時還可以讓整個空調的體積做得更為緊湊，從而方便現場的安裝。當然由于內部結構的特殊性，也要求在維護的時候按照正確的方法進行。 水冷機組會用到專門的冷卻水，而且為了確保在低溫下也能保持流動性，而不會因為結冰而造成堵塞，所以在水中會添加抗凍劑，一般是用乙二醇，它很適合用來作為低溫的載體，并且實現快速的輸送，還有比較大的比熱容。空調在運行的時候如果發生斷水的情況，會對空調功能造成影響。而且在水冷機組當中也已經配備了相應的自動保護功能，會進行自動停機。當遇到這種問題的時候，應該先對壓縮機斷電，并且按照正確的順序依次關閉各個閥門，再對斷水的問題進行檢查，然后采取維修措施。
當然水冷式機房專用空調出現這類故障的概率是非常低的，更主要的維護內容還是定期的檢查。設計合理的機組都會在結構上充分考慮維護的便捷性，即便是采取靠墻安裝的方式，只要打開正面的門，就能觀察到內部的各處結構，并且還可以借助于儀器做更深入的檢查。很多情況下這種日常檢查維護并不需要對空調斷電，并且也不會有漏電和觸電的風險。但具體能否進行這樣的帶電維護，還是取決于產品的說明以及廠家技術人員的指導。